内蒙古自治区教育厅是主管教育事业和汉语言文字工作的自治区人民政府组成部门。中共内蒙古自治区高等学校工作委员会为自治区党委的派出机构，与自治区教育厅实行—个机构，两块牌子。

主要职责是：贯彻执行党和国家教育工作的方针、政策和法律、法规，研究制订自治区教育发展的方针、政策、办法，并组织监督实施。研究拟定自治区教育改革与发展战略和教育事业发展规划;拟定自治区教育体制改革的政策措施和实施方案，指导并协调实施工作。统筹管理全区普通高等教育、研究生教育以及高等职业教育、成人高等教育、社会力量举办的高等教育、高等教育自学考试等工作。)规划并指导高等学校的自然科学和哲学、社会科学研究;宏观指导高等学校的高校技术应用研究与推广、科研成果转化和“产学研”结合工作;协调并指导高等学校承担国家和自治区重大科研项目的实施工作等。

办公室及主要职责

协助厅(高校工委)领导处理机关日常工作;协调教育系统党务、政务工作;负责厅机关会议的组织、综合性材料的起草、综合调研、机要保密、文秘档案、机关财务以及翻译、督查、信息、信访等工作;协调指导厅机关事务工作;组织指导机关电子政务工作;指导《中国教育报》驻内蒙古记者站工作;协调并指导教育系统办公室工作。

组织人事处及主要职责

负责和指导自治区高等学校党的组织建设工作;按照干部管理权限，负责厅机关、直属事业单位干部的管理和考核任免工作，配合自治区党委组织部做好高校领导干部的考核工作;负责厅机关并指导所属单位的人事、机构编制、干部聘任等工作;规划并指导教师、中小学校长和教育行政干部队伍建设工作;负责教师资格认定、教职工评优表彰及特级教师工作，指导并组织高校、中小学教师专业技术职务评聘工作;会同有关部门研究提出自治区各级各类学校的编制标准;协调并指导区直高等学校人事工作和教职工思想政治工作队伍建设;负责区直高校和教育厅系统人才工作和统战工作。负责教育厅对盟市教育工作年度实绩考核评价组织工作。

发展规划处及主要职责

制订全区教育事业发展的中长期规划;负责全区教育基本信息统计、分析;宏观规划高等学校管理体制改革和布局结构调整;协调制订高等学校招生计划;研究提出自治区高等专科学校设置标准，审核设立实施专科学历教育的高等学校，研究提出自治区高等学校的设置、撤销和更名的意见并按审批权限报批;对全区教育基本建设进行宏观管理和指导

政策法规处及主要职责

研究制订自治区教育厅法制建设工作规划，计划并指导实施;按照法制工作规程组织有关部门起草自治区教育地方性法规、规章(草案);指导教育普法执法工作;负责规范性文件审查备案及行政复议工作。统筹管理自治区民办教育工作;制定自治区民办教育政策性、指导性文件;制定民办非学历教育机构设置标准、组织开展民办学校年检评估工作，指导民办高校、民办中等职业学校、民办培训机构工作。