复旦大学附属儿科医院成立于1952年，系国家卫生计生委三级甲等医院。

1952年4月17日，经华东军政委卫生部批准，由西门妇孺医院分院、中国红十字会第一医院和中山医院儿科合并建成上海第一医学院儿科学院，并于1955年6月1日更名为上海第一医学院附属儿科医院，后随上海第一医学院更名而更名为上海医科大学附属儿科医院。当初以位于肇嘉浜路西门妇孺医院分院(妇产科医院)为院址，首任院长陈翠贞教授。1953年，经上级拨款142.84万元在枫林桥新建一所崭新的儿科医院，并于1954年7月迁入使用，即现址枫林路183号。

医院专业设置齐全，共设45个临床专业医技科室，目前有7个专科被确定为国家临床重点专科，包括新生儿、急诊与重症医学、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业。新生儿科还是上海市医学重点学科，儿科学是上海市重中之重重点学科，小儿外科是上海市小儿外科疑难重症临床医学中心，呼吸急救专业是上海市医学领先专业。

医院专家云集拥有副高级以上职称专家133人，博士生导师30名，硕士生导师33名，国务院特殊津贴专家38人, 卫生部有突出贡献专家5人，国家千人计划专家3人，教育部长江学者1名。